Il Cineca è guidato da un'Assemblea Consortile composta dai Rettori delle università e degli enti consorziati o loro delegati, e da un rappresentante del MIUR (Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca).

Il Presidente è il rappresentante legale del Consorzio mentre la direzione è responsabile dello sviluppo, dell'organizzazione e della gestione delle attività.

Gli Organi Statutari di Cineca: