I supercomputer sono cruciali per accelerare i tempi delle ricerche. Il progetto Exscalate4CoV è uno degli esempi di quello che si può fare con il calcolo ad alte prestazioni, in occasione di emergenze come pandemie o emergenze climatiche.

PRACE, l'associazione che raggruppa i principali centri di supercalcolo in Europa, ha deciso di sostenere la ricerca in questo ambito, finanziando proposte di progetto che richiedono ingenti risorse di calcolo per contribuire alla mitigazione dell'impatto della pandemia di COVID-19. In particolare i principali temi di interesse sono:

  • Ricerca biomolecolare, per comprendere i meccanismi dell'infezione da virus,
  • Ricerca bioinformatica, per comprendere mutazioni, evoluzione, ecc.,
  • Bio-simulazioni per lo sviluppo di terapie e / o vaccini,
  • Analisi epidemiologiche, per comprendere e prevedere la diffusione della malattia,
  • Altre analisi per comprendere e mitigare l'impatto della pandemia

Le procedure di selezione sono state avviate in tempi rapidissimi, e già dopo 10 giorni, i primi di aprile, il primo progetto è stato finanziatoBiomolecular research to understand the mechanisms of the virus infection/Bio-simulations to develop therapeutics
 

In the face of the growing pandemic caused by the retrovirus SARS-CoV-2 (Covid-19), there is an urgent need for inhibitors capable of selectively targeting some of its key proteins, but perhaps also key nucleic acid sequences in its genome. This project, which brings together a consortium of complementary teams, is based on several strengths:

  1. The recent provision of high-resolution structures of several Covid-19 proteins
  2. The availability of a new polarized molecular dynamics software, Tinker-HP, to achieve simulation quality that cannot be achieved with other software
  3. The ability to reprocess Tinker-HP trajectories through a set of screening and docking software to test new molecules active against Covid-19.