Fin dagli anni 80 Cineca realizza servizi volti alla modernizzazione delle interazioni tra il Ministero stesso e le università. La collaborazione ha inizio nel 1984, per la gestione dell'allora concorso nazionale a professore ordinario, e subito prosegue con un importante incarico: nel 1985 l’allora Ministero della Pubblica Istruzione affidò a Cineca il compito di elaborare il primo piano quadriennale di sviluppo delle università per l'adeguamento delle strutture didattiche e scientifiche. Nel decreto di affidamento si cita l’importanza del ruolo rivestito dal Consorzio in seno al Ministero: si tratta di una attività programmatoria, per la quale sono stati rimessi a terzi non già meri compiti di esecuzione, ma lo stesso momento ideativo qualificante per l'organizzazione del Ministero

Fin da allora Cineca, grazie anche allo storico ruolo di riferimento per atenei ed enti di ricerca, supporta il Ministero nella raccolta e nella gestione di tutte le informazioni utili a consentirgli di governare e monitorare il sistema accademico, ed è strumento integrante della macchina amministrativa, parte stessa del processo e indispensabile supporto alle decisioni strategiche del Ministero stesso.

Per il Ministero, Cineca sviluppa diversi sistemi informativi, e rappresenta il principale erogatore di servizi per quanto concerne le università. Non come mero esecutore, ma supportando le scelte del Ministero anche a livello strategico. Tra i principali servizi erogati vi sono:

  • gestione delle posizioni storico-giuridiche del personale docente e ricercatore di tutti gli atenei italiani e banca dati degli emolumenti liquidati al personale universitario - DALIA;
  • sistema di gestione dei bandi relativi ai "Progetti di Rilevante Interesse Nazionale";
  • gestione del sistema di voto elettronico per la composizione delle commissioni giudicatrici ai posti di professore ordinario, associato e ricercatore; e per le elezioni in seno al Consiglio Universitario Nazionale;
  • Anagrafe nazionale degli studenti;
  • Abilitazione Scientifica Nazionale;
  • VTR - Valutazione Triennale della Ricerca e successivamente VQR - Valutazione della Qualità della Ricerca delle Università ed Enti di Ricerca italiani;
  • sistema di gestione della programmazione del reclutamento del personale universitario – PROPER;
  • sistema di gestione del Fondo di Finanziamento Ordinario;
  • gestione delle prove di ammissione ai corsi a numero programmato a livello nazionale;
  • sistema di gestione elettronica dei test di idoneità prove d'esame;
  • sistema di gestione dell'offerta formativa;
  • Diversi portali (ResearchItaly, Universitaly, La buona scuola).

I servizi realizzati per il Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca sono rivolti in particolare a: