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EPIGEN

Progetto concluso

L'obiettivo del progetto è comprendere quali siano le basi epigenetiche che regolano la vita, lo sviluppo e le patologie degli organismi sia animali che vegetali. I dati necessari per lo studio di fenomeni epigenetici attraverso tecnologie omiche sono costosi e di elevata complessità, motivo per cui è stato necessario creare una rete di centri bioinformatici e di servizi di analisi che fanno capo, per l’infrastruttura HPC (High Performance Computing), al Cineca.

Il Cineca fornisce ai ricercatori del progetto bandiera "Epigenomica" una facility computazionale per l’analisi bioinformatica dei dati. L'enorme mole di dati derivanti dagli esperimenti condotti con le piattaforme di sequenziamento di nuova generazione (NGS) ha reso necessario l’utilizzo di risorse computazionali disponibili esclusivamente in centri di supercalcolo.

 

Il progetto bandiera del Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), denominato "Epigen", coinvolge, su scala nazionale, un gran numero di partner per far fronte alla complessità del problema biologico. Il progetto è stato suddiviso in sottoprogetti focalizzati su specifiche tematiche e distribuiti tra tutti i partner coinvolti.

 

Il Consorzio fornisce, in particolare, la maggior parte delle applicazioni attuali ed emergenti per l’analisi dei dati provenienti dalle piattaforme NGS, quali strumenti software bioinformatici e database per l’epigenomica.

L’esperienza accumulata nell’ottimizzazione delle pipelines per analisi di tipo ChiPseq, RNAseq, exome sequencing e re-sequencing, permetterà ai ricercatori di rispondere prontamente alle esigenze di studio del progetto.
E' in corso, inoltre, lo sviluppo di un portale che consentirà di coordinare gli sforzi congiunti dei numerosi partner.

 

Per far fronte alle ingenti richieste di calcolo e storage che verranno dai gruppi sperimentali, sarà necessario sia risolvere problematiche di immagazzinamento dati derivanti dalle attività specifiche di laboratorio sia sviluppare software ad alte prestazioni per l’analisi dei dati NGS.

 

Sarà quindi importante l’integrazione, l’automazione e l’ottimizzazione delle procedure e delle pipelines di analisi con l’infrastruttura hardware e software del Cineca.

Partner 

Coordinatore:

Graziano Pesole, Istituto di Biomembrane and Bioenoergeticsy, Bari

Partecipanti:

Anna Tramontano,Università di Roma, Dipartimento di Fisica

Giulio Pavesi, Dipartimento di Scienza Biomoleculare & Biotecnologia, Università di Milano

Alberto Policriti Istituto di Genomica Applicata, Udine

Stefano Volinia, Università di Ferrara, Dipartimento di Morfologia & Embriologia

Giorgio Valle, CRIBI Gruppo di Genomica, Università di Padova

Diego Di Bernardo, Istituto Telethon di Genetica e Medicina, Napoli

Claudio Angelini Mauro Picon Istituto (IAC), Bari

Flavio Licciulli, Istituto di Tecnologia Biomedica, Bari

Raffaele Calogero, Università di Torino, Dipartimento di Scienze Cliniche e Biologiche

Silvio Bicciato, Centro per la Ricerca sul Genoma, Università di Modena & Reggio Emilia

Paolla Bertolazzi Antonio Ruberti Istituto (IASI), Roma

Tiziana Castrignanò -Cineca, Roma

 

 

 

Tempistica 

Dara iniziale: 01-01-2012

Data finale:31-12-2014