Cineca mette a disposizione del mondo della ricerca un ecosistema di servizi e strumenti a supporto delle ricerche di frontiera, sia negli ambiti classici delle ricerche computazionali, sia in altri contesti, come sanità e beni culturali.

Il sistema accademico e gli enti di ricerca accedono ai supercalcolatori ospitati dal consorzio tramite bandi e convenzioni, inoltre Cineca fa parte di network europei di High Performance Computing, ed è un punto di riferimento del sistema europeo della ricerca.

Tra i servizi erogati a supporto della ricerca rientrano anche i sistemi informativi per la gestione dei fondi di finanziamento e dei prodotti della ricerca, in particolare per il Miur, sia nella ricerca di base (PRIN, FIRB, FIR e SIR) sia per la ricerca industriale (PON e FAR).