Alla fine degli anni '60 il mondo universitario sentì l'esigenza di disporre di computer potenti per il calcolo scientifico, ma si trattava di investimenti che all'epoca una singola università non poteva permettersi da sola, in termini di costo e soprattutto di struttura di supporto.

Nel 1967, con il sostegno del Ministero dell'Istruzione, quattro Atenei italiani si consorziarono per creare un centro di calcolo comune: così nacque il Cineca. Con la sua costituzione, nel 1969 viene installato in Italia il primo supercomputer.

Dagli anni '80, il Consorzio ha esteso la propria missione istituzionale sviluppando sistemi gestionali e amministrativi per le università, e trasferendo le proprie competenze verso il mondo della Pubblica Amministrazione, delle imprese e dei servizi

Da allora, in particolare dagli anni '80, il Consorzio ha esteso la propria missione istituzionale sviluppando sistemi gestionali e amministrativi per le università, e trasferendo le proprie competenze verso il mondo della Pubblica Amministrazione, delle imprese e dei servizi, con un conseguente aumento delle attività e dei servizi offerti.

Oggi il Cineca è un punto di riferimento per il sistema accademico nazionale, il cuore tecnologico del sistema di comunicazione tra Università e Ministero dell'Università e della Ricerca. Inoltre, grazie all'esperienza acquisita in oltre trent'anni di attività, ha assunto un ruolo di primaria importanza nell'ambito della Pubblica Amministrazione, e le sue competenze sono sempre più apprezzate nel mondo dell'industria e delle aziende di servizi.