Come indicato nello statuto consortile, Cineca è guidato da un'Assemblea Consortile composta dai Rettori delle università e degli enti consorziati o loro delegati.

Il Presidente è il rappresentante legale del Consorzio.

  • Francesco Ubertini professore ordinario dell'AlmaMater Studiorum - Università di Bologna.

Il Direttore Generale è responsabile dello sviluppo, dell'organizzazione e della gestione delle attività.

  • direttore facente funzione dott. Maurizio Tani