Come indicato nello statuto consortile, gli Organi del Consorzio sono:

  • l'Assemblea Consortile che esercita le funzioni di indirizzo strategico e di controllo nei confronti degli organi consortili;
  • il Presidente, che rappresenta legalmente il Consorzio. Tra gli altri compiti, presiede le riunioni degli organi di governo e ne dirige i lavori, vigila sull'attuazione delle delibere assunte dal Consiglio di Amministrazione e dalla Consulta Consortile;
  • il Consiglio di Amministrazione, che ha le competenze di amministrazione ordinaria e le proposte relative all’amministrazione straordinaria da sottoporre all’Assemblea Consortile;
  • il Direttore Generale, che ha il compito di direzione e vigilanza di ogni attività del Cineca; Cura inoltre l'attuazione delle delibere assunte dal Consiglio di Amministrazione e dalla Consulta Consortile;
  • la Consulta Consortile che ha un ruolo di consulenza tecnica a supporto dell’Assemblea Consortile per gli argomenti oggetto di delibera da parte della stessa; 
  • il Collegio dei Revisori dei Conti, che esercita la vigilanza sulla regolarità contabile e finanziaria della gestione, verificando il rispetto delle pertinenti disposizioni di legge, regolamentari e statutarie;
  • L'Organismo di Vigilanza ha funzioni di vigilanza e controllo in ordine al funzionamento, all'efficacia, all'aderenza ed all'osservanza del Modello di Organizzazione, Gestione e Controllo adottato dal Consorzio.

I Consorziati partecipano alle attività anche tramite panel e focus group tematici