Come indicato nello statuto consortile, Cineca è guidato da un'Assemblea Consortile composta dai Rettori delle università e degli enti consorziati o loro delegati, e da un rappresentante del MIUR (Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca).
Il Presidente è il rappresentante legale del Consorzio.
- Prof. Eugenio di Sciascio (f.f.) professore del Politecnico di Bari
Il Direttore Generale è responsabile dello sviluppo, dell'organizzazione e della gestione delle attività.
- David Vannozzi
- Nella pagina relativa agli organi statutari sono presentati gli organi preposti al governo di Cineca;
- Nella pagina relativa all'organizzazione operativa sono presentate le attività del Consorzio.
