Cineca è guidato da un'Assemblea Consortile composta dai Rettori delle università e degli enti consorziati o loro delegati, e da un rappresentante del MIUR (Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca).

Il Presidente è il rappresentante legale del Consorzio.
Prof. Eugenio di Sciascio (f.f.) professore del Politecnico di Bari

Il Direttore Generale è responsabile dello sviluppo, dell'organizzazione e della gestione delle attività.
David Vannozzi