La forte crescita del Cineca di questi ultimi anni ha costituito un fattore determinante per l'avvio di un processo di razionalizzazione della struttura organizzativa. Nella consapevolezza dell'influenza dell'organizzazione sulla qualità dei servizi, la Direzione ha optato per i requisiti dettati dallo standard internazionale ISO 9001 quale riferimento per impostare un sistema di gestione per la qualità efficiente, efficace e flessibile.
La norma ISO 9001, nella versione del dicembre del 2000, si contraddistingue per una maggiore compatibilità alle esigenze peculiari del mondo dei servizi in quanto esalta una visione dell'organizzazione per "processi". Proprio da una puntuale analisi dei processi principali (realizzativi) e di supporto (gestionali), il Cineca ha iniziato il proprio percorso di certificazione. Tale percorso ha portato alla elaborazione di procedure e istruzioni operative che regolano i processi e, parallelamente, alla informatizzazione della modulistica e documentazione a supporto del sistema di gestione per la qualità.
L'ottenimento del certificato di conformità allo standard ISO 9001:2000 nel novembre del 2001 non ha rappresentato per il Cineca un punto di arrivo, bensì una tappa di un percorso di evoluzione continua volto ad adattare il sistema di gestione per la qualità alle mutevoli esigenze interne ed esterne.
L'informatizzazione del sistema qualità è risultata essere una scelta vincente, anche grazie al fatto che si è cercato sin dall'inizio l'integrazione del sistema informativo per la qualità con il sistema informativo aziendale preesistente.
Nel dicembre 2009 il Cineca ottiene la certificazione di conformità alla nuova versione della ISO 9001 del 2008: il passaggio al nuovo standard non ha richiesto modifiche significative al Sistema di Gestione per la Qualità in quanto la norma ha introdotto unicamente alcuni chiarimenti e note interpretative di alcuni requisiti che nella prassi applicativa hanno dato adito ad ambiguità interpretative.
Come si deduce dalla lettura del certificato ISO 9001:2008, il Cineca è attualmente il seguente: "Progettazione, sviluppo e realizzazione di infrastrutture complesse, soluzioni applicative, assistenza ed erogazione di servizi di produzione e di outsourcing, nel campo delle tecnologie informatiche con riferimento a : servizi ICT, servizi di supporto per il calcolo tecnico scientifico, servizi e sistemi informativi per la sanità, per l'amministrazione universitaria, per la gestione delle informazioni e della conoscenza, per il supporto alle decisioni aziendali, per l'erogazione di corsi di formazione in ambito ICT, calcolo tecnico scientifico e amministrazione universitaria".
